Die reformierten Gemeinden in Deutschland haben drei verschiedene Organisationsstrukturen. Die weitaus größte Zahl gibt es in unierten Kirchen. Diese unierten Kirchen kann man in der Regel schon am Namen erkennen, sie nennen sich „Evangelische Kirche“ ohne den konfessionellen Zusatz „lutherisch“ oder „reformiert“ (z. B. „Evangelische Kirche im Rheinland“). Entstanden sind diese Kirchen meist zu Anfang des 19. Jahrhunderts in Preußen und anderen Fürstentümern durch Zusammenschluss der reformierten und lutherischen Gemeinden des Landes unter einer gemeinsamen Verwaltung. In ihnen gelten sowohl die lutherischen als auch die reformierten Bekenntnisschriften.
Neben den reformierten Gemeinden innerhalb von Unionskirchen gibt es weiterhin zwei reformierte Landeskirchen. Die eine ist die „Lippische Landeskirche“ mit Sitz in Detmold, die andere ist die „Evangelisch-reformierte Kirche - Synode der ev.-ref. Kirchen in Bayern und Nordwestdeutschland“ mit Sitz in Leer.
Die dritte Organisationsform ist die der selbstständigen Gemeinden, die sich zum „Bund evangelisch-reformierter Gemeinden der Bundesrepublik Deutschland“ zusammengeschlossen haben. Zu ihm gehört auch die Dresdner Gemeinde.